In einer nicht mehr bekannten Örtlichkeit trafen sich die Gründungsmitglieder E. Büttner, K. Haufe, K. Schmidt, K. Blanke und G. Michaelis und beschlossen die Gründung eines Fußballvereins für Markwerben. Als erster Vorstand für den Verein wurden auf der Gründungsversammlung am 24. September 1926 die Sportfreunde K. Blanke und G. Michaelis gewählt. Damit war der Fußballklub Markwerben 1926 M.d.V.M.B.V. geboren.
Sein erstes Spiel erlebte Markwerben am 17. Januar 1927 gegen Uichteritz, welches 2:2 ausging. Das Vereinsleben entwickelte sich ziemlich intensiv, so fand monatlich eine Hauptversammlung statt und einmal im Jahr wurde ein Stiftungsfest veranstaltet. Neben Fußball existierten in den frühen Jahren die Sparten Handball, Faustball und Leichtathletik. Die Massenarbeitslosigkeit der Jahre 1933/34 bewirkte, dass sich genügend fleißige Männer und Frauen fanden, die aus einer alten Kiesgrube den heute noch bespielbaren ersten Sportplatz errichteten. Die Kriegswirren brachten auch den Verein und den Spielbetrieb völlig zum Erliegen, da sich die Männer im spielfähigen Alter vorwiegend an der Front befanden.
 Nach dem Krieg bestand zunächst erst mal kein Interesse am Fußball. Die Menschen hatten zunächst andere Sorgen und mussten sich eine neue Existenz aufbauen. 1948 war es dann soweit: Die erste Nachkriegshauptversammlung wählte Otto Pocher zum 1. Vorsitzenden. Im Jahre 1949 bestand der FCM aus den Sektionen Fußball, Handball, Faustball, Tischtennis und Schach. 1951 wurde aus dem FC Markwerben die BSG Aufbau Weißenfels. Die Bedingungen in den Fünfzigern waren denkbar schlecht. So zogen sich die Mannschaften in einer alten Baracke, die der Kreisbaubetrieb zur Verfügung gestellt hatte, um. An Wasch- oder Duschmöglichkeiten war damals nicht zu denken. 
Erst 1961 änderten sich die Bedingungen. Nach zweijähriger Bauzeit wurde das neue Sportlerheim eingeweiht, das im Rahmen des NAW in 3500 Aufbaustunden mit einem Wert von 25.000 DDR-Mark erbaut wurde. Der Anbau für Heizung und Sanitäranlagen wurde 1984 realisiert. Der sportliche Werdegang begann 1954 mit dem Aufstieg in die 1. Kreisklasse. Sehr erfolgreich waren die Handballer, die u.a. mit W. Müller, Sachse, Buchwald, H. Geißler, Jahr, H. Schieck, Lehmann und Handow 1956 Kreismeister wurden. Auch die Handballfrauen waren in dieser Zeit mit W. und U. Geißler, R. Ködel, Martha Schmidt, U. Becker, Lange und Döring ziemlich erfolgreich. Als sich der Uichteritzer Fußballverein Mitte der 50er auflöste, meldeten sich viele Spieler von dort an, u.a. Horst Thieme, Uwe Ritter, Freiberg und Dieter Churs, die uns mit der Neugründung von Traktor Uichteritz 1960 natürlich wieder verließen. 
Dies hatte zur Folge, dass Aufbau schwere Zeiten zu überstehen hatte. Doch Dank der guten Nachwuchsarbeit von Kurt Suttinger, Gert Langner und vor allem Erhard Hartung kamen gute Spieler aus den eigenen Reihen nach. Im Jahre 1975 war es dann soweit: Der Aufstieg in die Bezirksklasse war gelungen! Zwar stieg man postwendend wieder ab, aber 1977 folgte der sofortige Wiederaufstieg.Die Einweihung des neuen Sportplatzes im Jahre 1976 wurde mit einem Freundschaftsspiel gegen Chemie Zeitz abgerundet. Der Grund für den Bau des neuen Platzes war ziemlich kurios: Der Sportplatz an der Mühle zwischen Storkau und Obschütz, auf dem die Damenmannschaft von Rot-Weiß Storkau spielte, gehörte der LPG, wurde eingepflügt und in landwirtschaftliche Nutzfläche umgewandelt, so dass die Damen ein neues Domizil brauchten. Deren Trainer war übrigens unser späterer Platzwart Otto Kluge. In der Jugendarbeit engagierten sich in dieser Zeit insbesondere Horst und Burghard Hillgruber und Bodo Leschek. 
Mit der Wende bekam der wieder umbenannte FC Markwerben 1926 e.V. Probleme und wurde durch die DFV-Neueinteilung in die Kreisliga B eingestuft. 1995 begann die Erfolgsära mit dem Aufstieg in Kreisliga A. Unter Präsident und Trainer Jürgen Rüppner, Hauptsponsor Ralph Höhne sowie einigen älteren Vereinsmitgliedern wurde durch gezielte Neuverpflichtungen eine starke Mannschaft geformt, die es schaffte, jedes Jahr eine Klasse was 1999 im Aufstieg zur Landesliga gipfelte. Jedem Abstieg erfolgte auf Anhieb der Wiederaufstieg, auch dank der hervorragenden Trainerarbeit von Wolfgang Lischke und Sigmar Bareins. Höhepunkte im Spielgeschehen der 90er Jahre waren die Freundschaftsspiele gegen FC Carl-Zeiss Jena, Dynamo Dresden, Erzgebirge Aue und Sachsen Leipzig, vor allem aber unser Spiel gegen die Traditionself von Carl-Zeiss Jena, das wir mit 2:1 gewannen. 
Am 9. September 2001 bekam die Sportanlage des FCM den Namen des 5-fachen Weltmeisters und zweimaligen Olympiasiegers im Rudern, Andreas Hajek. Leider war die Nachwuchsarbeit Anfang des neuen Jahrtausends ein Stiefkind es Vereins. Bis 2001 existierte eine A-Jugend, trainiert von U. Machwirth. Erst 2004 nahmen sich dankenswerterweise Thomas und Frank Hartmann, Steve Michael und Sven Kahlmann dieser Sache wieder an, indem sie ihre eigenen Kinder an die Hand nahmen und eine Kindermannschaft gründeten. 
Höhepunkt der Erfolge des FCM war die Wahl zur Mannschaft des Jahres 2003 im Kreis Weißenfels, noch vor der Bundesliga – Basketballmannschaft MBC. Unser ältestes Vereinsmitglied ist Kurt Suttinger mit 86 Jahren, gefolgt von Werner Otto (79), der immer noch als Kassierer aktiv ist. Sportfreund Manfred Tünschel (72) ist seit 55 Jahren im Verein und seit 50 Jahren Hauptkassierer.